长期大量吸食雪茄对口腔和呼吸系统的危害可能超过香烟，而香烟对肺部的直接损害更为显著，二者危害程度受使用频率、吸入方式及个体差异影响，无法简单判定“谁危害更大”，但均应避免接触。
口腔与呼吸系统风险更高
雪茄烟叶发酵时间长，尼古丁含量高，燃烧时释放的焦油和一氧化碳浓度是香烟的数倍。由于通常不经过滤嘴直接吸入，高温烟雾会灼伤口腔黏膜，增加舌癌、喉癌和食管癌风险。长期空吸行为可能导致有害物质沉积在唾液腺，引发牙龈萎缩和牙齿脱落。
心血管与代谢影响
雪茄中的尼古丁会导致血管收缩、血压升高，长期吸食可能增加高血压、冠心病风险。同时，尼古丁会抑制钙吸收，干扰成骨细胞功能，加速骨质疏松进程。
吸入频率与肺部损伤
雪茄吸食者普遍吸入频率低于香烟使用者，肺部纤毛受损程度相对较轻，但若偶尔吸入烟雾至肺部，危害会显著增加。
肺部直接损害更突出
香烟通过滤嘴吸入时产生更高温度的细小颗粒物（PM2.5），这些颗粒能深入肺泡，破坏呼吸膜结构，导致慢性支气管炎、肺气肿和肺癌风险显著升高。香烟中的氰化氢会抑制呼吸道纤毛运动，苯并芘等致癌物与肺癌发生呈强相关性。
心血管系统持续性伤害
由于吸食频次高且成瘾性强，香烟对心血管系统的持续性伤害更为突出，可能加速动脉粥样硬化进程，增加心肌梗死和脑卒中风险。
全身性健康影响
香烟烟雾在口腔停留时间短，对唾液腺的刺激弱于雪茄，但会降低免疫力、加速皮肤老化、影响生殖健康（如降低精子质量、增加女性月经紊乱风险），并缩短预期寿命8-10年。